درمان کمکی و پیشگیری از رد پیوند کلیه و کنترل روماتیسم مفصلی فعال از موارد استفاده قرص یا آمپول آزاتیوپرین می باشند.
قرص اورولیموس جهت درمان سرطان پیشرفته روده و درمان سرطان غدد تجویز می گردد.
-درمان آرتریت روماتوئید فعال متوسط تا شدید (همراه با متوترکسات)
-درمان بیماری کرون فعال متوسط تا شدید که به درمانهای رایج پاسخ کافی نداده است (برای کاهش علایم و نشانه‌ها و القا و برقرار نگهداشتن بهبود موقت بالینی) یا به منظور کاهش تعداد فیستول‌های انتروکوتانئوس و رکتوواژینال و بسته شدن فیستول
-درمان آرتریت سوریاتیک (برای کاهش علایم و نشانه‌های آرتریت فعال و جلوگیری از پیشرفت آسیب ساختاری و بهبود عملکرد فیزیکی)
-درمان پلاک سوریازیس مزمن شدید
-درمان آنکیلوزینگ اسپوندیلیت فعال (کاهش علایم و نشانه‌ها)
-درمان کولیت اولسراتیو فعال متوسط تا شدید که به درمانهای رایج پاسخ کافی نداده است (کاهش علایم و نشانه‌ها و القا و برقرار نگهداشتن بهبود موقت بالینی، بهبود موکوز و حذف مصرف کورتیکواستروئید)
قرص مرکاپتوپورین در دسته داروهای ترکیب ضد تومور قرار دارد و جهت درمان سرطان خون تجویز می گردد.
استفاده در انكولوژي: درمان لوكميا، سرطان سينه، سرطان سر و گردن، سرطان ريه، سرطان لنف و استخوان
استفاده در ساير موارد: درمان پسوريازيس، روماتيسم
پیشگیری از رد پیوند همراه با سیکلوسپورین و کورتون در بیماران دریافت کننده پیوند قلبی، کبدی، یا کلیوی
درمان كوتاه مدت و بلند مدت درماتيت اتوپيك خفيف تا متوسط در بيماراني كه به درمان هاي معمول پاسخ نمي دهند.
پیشگیری از رد پیوند در بیماران پیوند کلیه
پیشگیری از رد پیوند کلیه، کبد و قلب
درمان روماتیسم مفصلی فعال