از داروی سیکلوفسفاماید در درمان سرطان های مختلف خون، درمان سرطان سینه، تخمدان، آدنوکارسینوم و همچنین درمان سندرم نفروتیک مقاوم در کودکان استفاده می شود.
درمان لمفومای غیر هاجکین CD20 مثبت :
لمفومای غیرهاجکین عود کننده یا مکرر درجه پایین یا فولیکولار لنفوسیت های بی (به عنوان تک عامل)
لمفومای غیر هاجکین فولیکولر لنفوسیت بی که قبلا درمان نشده اند (به همراه خط اول شیمی درمانی، به عنوان تک عامل در درمان نگهدارنده، زمانی که به ریتوکسیمب به عنوان خط اول درمان جواب دهد)
لمفومای غیرهاجکین لنفوسیت های بی درجه پایین (به عنوان تک عامل پس از درمان خط اول CVP)
لمفومای غیر هاجکین لنفوسیت های بی پیشرونده و وسیع که قبلا درمان نشده است (به همراه رژیم CHOP یا سایر رژیم های مبتنی بر آنتراسیکلین)
درمان لوکمیای لمفوتیک مزمن CD20 مثبت (به همراه فلودرابین و سیکلوفوسفاماید)
درمان روماتوئید آرتریت فعال متوسط تا شدید (به همراه متوتروکسیت) در بزرگسالان بیمار که پاسخ کافی به یکی یا تعداد بیشتری از آنتاگونیست های TNF نداشته اند.
درمان گرانولوماتوز وگنر (به همراه گلوکوکورتیکوئیدها)
درمان پلی آنژیت میکروسکوپیک (به همراه گلوکوکورتیکوئیدها)