داروی مترونیدازول جهت درمان عفونت قارچی و میکروبی در شرایط خاص، به عنوان بخشی از رژیم ترکیبی هلیکو باکتر پیلوری جهت کاهش وقوع مجدد زخم دوازده، تجوز می گردد.
این شرایط عبارتند از:
درمان عفونت واژینال توسط انگل تریکوموناس، درمان عفونت روده توسط انگل ژیاردیا، درمان آمیبیازیس روده و آبسه کبدی توسط انگل انتامیبا هیستولیتیکا، درمان عفونت های باکتریایی واژن توسط گونه های باکتریوئید، گاردنلا واژینالیس، و پریوتلا در زنانی که باردار نیستند.