آمفوتریسین ب، جهت درمان عفونت شدید سیستم عصبی مرکزی ایجاد شده توسط گونه های قارچی زیر تجویز می گردد:
بعلاوه از آمفوتریسین ب در، التهاب صفاق، شستشو جهت عفونت قارچی مثانه، استفاده در عفونت قارچی در بیمارانی که پیوند مغز استخوان داشته اند، مننژوانسفالیت آمیبی، عفونت آسپرژیلوسی چشم (تزریق داخل چشمی، کیست کاندیدایی (شستشوی مثانه)، به عنوان پیشگیری کننده از عفونت آسپرژیلوس در بیماران ضعیف به حالت سیستم ایمنی (داخل بینی)، مننژیت عود کننده (داخل نخاعی)، آرتریت کوکسیدیال (تزریق داخل مفصلی، تزریق عضلانی) تجویز می شود.
همچنین آمفوتریسین ب، بعد از پیوند مغز استخوان جهت کاهش خطر بیماری تهاجمی قارچی تجویز می گردد.
از آمپول کسپو فانجین دردرمان عفونت قارچی در بیمارانی که تحمل نسبت به سایر درمان ها ندارند یا بیماری عود کننده است، درمان عفونت قارچی کاندیدا (آبسه داخل شکمی، عفونت مری، التهاب صفاق)، و درمان عفونت قارچی در بیماران مبتلا به تب نوتروپنیک تجویز می شود.
فلوکونازول جهت درمان عفونت قارچی کانديديازيس (ناحیه واژن، دهان، مری، دستگاه ادراري و ذات الريه)، درمان مننژیت و برای پیش گیری از عفونت های قارچی در موارد پیوند مغز استخوان تجویز می گردد.
در درمان عفونت‌های قارچی